Ignazio era a Vicenza, con i compagni Peter e James, nel monastero di San Pietro in Vivarolo, fuori delle mura della città, sulla strada per Trento. Era un monastero isolato, abbandonato e diroccato, in cui si dormiva sulla paglia, sotto le stelle e in compagnia delle zanzare. Qui Ignazio riceve la notizia che la repubblica di Venezia aveva rotto i rapporti con i turchi e quindi diventava impossibile viaggiare verso la Terra santa.
Perciò riunisce tutti i compagni a Vicenza per discutere sul loro futuro e celebrare la prima Messa.
Così anche Saverio, verso la fine di settembre, lascia Monselice e viene a Vicenza. È probabile che abbia celebrato Messa anche a Monte Berico, all'oratorio dei Servi, in cattedrale e all'ospedale degli intoccabili. Ma secondo i migliori storici, il Saverio celebra la sua prima Messa nella chiesetta del monastero, dedicata a san Gerolamo, il 30 settembre del 1537.
I compagni riuniti a San Pietro in Vivarolo prendono tre decisioni importanti: andare a Roma e mettersi al servizio del papa; recarsi in coppia nelle grandi università di Padova, Ferrara, Siena e Bologna per cercare nuove vocazioni tra gli universitari. Prima di separarsi, si accordano di chiamarsi “Compagnia di Gesù”.
Lì vicino, in viale Trento, il beato Conforti ha acquistato la casa per i missionari saveriani (1919). Nella proprietà c'è anche la chiesetta dedicata a san Pietro d'Alcantara. Qui è sepolto il saveriano più amato e venerato dai vicentini, il servo di Dio padre Pietro Uccelli, missionario in Cina, dove il Saverio non aveva potuto approdare.
Non lontano dalla casa dei saveriani, in via dei Cappuccini, al numero 16, si vedono i pilastri di un cancello, su un terreno abbandonato. Forse lì era il vecchio convento che ha ospitato il Saverio e i compagni nell'autunno del 1537. Niente resta del convento stesso, che già allora era malmesso e insalubre. Qui il Saverio si ammala ed è ricoverato nell'ospedale degli incurabili o di Santa Maria della Misericordia. Nella chiesa dell'ospedale attuale si conserva ancora un quadro del Saverio malato, cui appare san Gerolamo (patrono della famiglia Javier), per annunciargli che andrà a Bologna e che avrà molto da tribolare.
