Il Saverio trova ovunque campi di apostolato pronti a ricevere il seme della Parola: tra le mogli e i figli dei portoghesi che vivono nei fortini coloniali, tra gli abitanti dell’India, delle Molucche, di Ternate, di Amboina, dell’isola del Moro... Il suo metodo missionario mira a stabilire subito le comunità cristiane, sulla base di alcuni punti importanti: accettare le verità principali della fede cristiana e il battesimo, essere assidui nella preghiera e nell’istruzione. È un metodo adattato alle popolazioni semplici e povere.

Oltre a successi e speranze, le sue lettere rivelano anche una serie di difficoltà, che il santo vede lucidamente e a cui cerca di far fronte, per quello che può.

La prima difficoltà è la penuria di missionari. Saverio li chiede con insistenza, non solo a sant’Ignazio ma anche al re del Portogallo, responsabile dell’azione missionaria nelle terre sotto il suo dominio. Gli scrive di mandarne il più grande numero possibile, sostenendo anche le spese connesse: “Si ricordi di mandare predicatori poiché, per la loro mancanza, né i portoghesi né i convertiti alla nostra fede sono cristiani”. (Lettera 61)

Un’altra difficoltà è lo scarso spirito di collaborazione. Spesso ci sono forti rivalità e gelosie tra chi dovrebbe lavorare per il bene della gente. Così scrive al re: “Alcuni dicono, «lo farò io»; altri, «no, soltanto io»; oppure, «poiché io non lo faccio, non mi piace che lo facciate voi»; e altri ancora, «io sopporto le fatiche e altri ricevono i ringraziamenti e i vantaggi...». Così ognuno lavora per mandare avanti la propria causa, senza mandare avanti il servizio di Dio”.

Il Saverio è anche molto preoccupato per l’oppressione esercitata dai portoghesi sui cristiani: “In India, molti cristiani non si convertono proprio per colpa dei governatori”, che hanno ben altri interessi e non si preoccupano di favorire la vita cristiana e l’onestà. Saverio chiede al re di intervenire sui governatori che abusano del loro potere, ma conclude sconsolato: “Ma non ho speranza che questo si farà”.

C’è poi la tentazione dello scoraggiamento nei missionari stessi. Saverio li conforta e incoraggia, come fa nella lettera a p. Henriques, che lavora nell’India meridionale: “Non vi scoraggiate nel vedere che non fate tanto frutto come desiderate con i cristiani...; fate più frutto di quanto pensiate nel dare la vita spirituale alle creature che nascono battezzandole, con grande diligenza e cura. (Lettera 69)

Proprio a motivo della missione intrapresa, Saverio vive nell’angoscia per i molti ostacoli che vede, per l’impossibilità personale a farvi fronte e a convincere altri ad impegnarsi in essa con lo stesso zelo.

Fa parte dell’impresa missionaria l’accettare di prendere su di sé quest’angoscia, alle volte più profonda degli ostacoli esterni.