Se San Paolo amava scrivere e incoraggiare i suoi collaboratori, p. Giovanni Didoné sapeva imitarlo. È stata trovata una lettera indirizzata al catechista Raffaele.

“Mio caro Raffaele, (...) Ti scrivo per darti un po’ di speranza per i tempi futuri. Sii un uomo, ti prego. Non perdere il tuo slancio. Dio è qui in mezzo a noi. Coloro che disperano non ricevono facilmente la misericordia di Dio. È al momento della prova che possiamo testimoniare con precisione la nostra fede e il nostro amore per Dio. Vedi, noi padri siamo a Fizi, lontani da casa. Ma Dio è ovunque e ci sta aiutando tutti. Non pensare che i padri andranno a casa. Lo sai bene! I padri preferiscono morire nella loro missione. Noi siamo stati inviati per restare qui nella missione di Fizi. Non sono ancora venuto da voi perché non posso, e voi lo sapete bene, però mi vedrete, non so quando, ma mi vedrete” (Fizi, 9 novembre 1964).

Padre Giovanni scriveva l’11 gennaio 1961: “Non sono ancora un martire, anche se la speranza mi rimane. Temo che questa grande grazia non mi sarà donata”. Nella stessa lettera, rivelava la sua ansia per i ribelli che aderivano al movimento comunista: “Temiamo per i compagni... Per questa paura chiediamo preghiere. Non per noi. Temiamo che le ideologie soffochino questa giovane e fiorente comunità e seminino l'odio in questi giovani cuori. Possa il Signore rimuovere questa terribile piaga!”.

Padre Giovanni descriveva una sua avventura nella prigione di Fizi: “Per una notte (notte di carnevale) ho provato il piacere di dormire su una tavola posta sul pavimento di una stanza senza finestra, con una porta chiusa da tre lucchetti... Al mattino, loro (i militari) ci hanno costretto a spazzare il cortile e a pulire il bagno (ero con p. Aldo Vagni)... Non ci picchiavano, ma ridevano di noi e ci calunniavano... Ci hanno condotto ​​a Baraka, dove alle 18.30 siamo stati liberi per celebrare la messa e abbiamo versato qualche lacrima” (11 marzo 1961).

Ancora al catechista Raffaele, il 9 novembre 1964, 19 giorni prima della sua morte, il padre scriveva: “Non pensate che i padri andranno a casa. Lo sai bene, i padri preferiscono morire nella loro missione. Morire piuttosto che abbandonare la missione!”.
Nello stesso giorno scriveva al superiore dei saveriani: “Noi stiamo bene. Pregate per noi. Date notizie alle nostre famiglie. Restiamo tutti tranquilli. Sappiamo parlare per difenderci e la grazia di Dio non ci manca”.

La sera del 28 novembre, arrivò il generale Abedi Masanga, con la sua jeep, alle 18. L’auto si fermò davanti alla casa dei padri e Abedi, disceso dal suo veicolo, chiamò ad alta voce p. Giovanni che uscì e si diresse verso il soldato, con il revolver aveva puntato contro di lui. Venne colpito da un proiettile sulla fronte. Cadde a terra senza un grido di dolore, ai piedi di una pianta di papaia. P. Giovanni, in occasione della sua prima Messa, pregava così: “Al Padre celeste, il dono della perseveranza finale; al Figlio, il dono di un dolcissimo amore a Maria; allo Spirito Santo, il dono del martirio, il più grande dei doni”. Gli è stato concesso.